Dzieje się tak np. przy korzystaniu z ulg podatkowych, przy wspólnym rozliczeniu z małżonkiem, czy przy pobieraniu zaliczki według wyższego stopnia progu podatkowego. Maksymalny czas oczekiwania na zwrot z podatku PIT wynosi 45 dni w przypadku złożenia deklaracji przez Internet oraz 90 dni, gdy zostanie ona złożona w wersji papierowej. Niedopłatę podatku trzeba uregulować do 2 maja 2023 roku.
W przypadku rozliczenia rocznego podatku dochodowego od osób fizycznych nadpłata powstaje z dniem złożenia zeznania rocznego. Z reguły im szybsze złożenie zeznania podatkowego, tym krótszy czas oczekiwania na zwrot podatku — zwłaszcza gdy są to wysokie kwoty nadpłaty, które urzędnik skarbówki musi zweryfikować i zaakceptować. Kwoty niskie do 5 tys. zł od 2022 roku są zwracane automatycznie dzięki systemowi Auto zwrot, nawet w kilka dni.